N’ayant aucun moyen de vaincre Godzilla Earth, l’humanité observe le roi Ghidorah, vêtu d’une lumière dorée, descendre sur la planète. Le ciel et la terre tremblent encore une fois alors…
Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.
