L’histoire du nouveau film se déroule dans la forêt d’Okoya, un paradis Pokémon protégé par des règles strictes qui interdisent aux étrangers de mettre le pied à l’intérieur……

Sacha, Ondine et Pierre font la connaissance de Mewtwo, un Pokémon créé de toutes pièces et prêt à en découdre.