L’histoire du nouveau film se déroule dans la forêt d’Okoya, un paradis Pokémon protégé par des règles strictes qui interdisent aux étrangers de mettre le pied à l’intérieur……

Au cours de cet affrontement qui s’annonce hors du commun, les pires dangers attendent les Chapeaux de paille et d’étonnantes alliances pourraient voir le jour…

Sacha, Ondine et Pierre font la connaissance de Mewtwo, un Pokémon créé de toutes pièces et prêt à en découdre.

Hitomi est une solitaire, mal dans sa peau. Consciente de faire souffrir son entourage, elle voudrait juste disparaître. Comme un ange venu exaucer son vœu, un homme encapuchonné lui apparaît…