Si la vérité éclate au grand jour, elle risque d’ébranler le gouvernement japonais et le Système Sibyl.

Kosuke et Natsume ont grandi dans le même immeuble et sont amis d’enfance……

N’ayant aucun moyen de vaincre Godzilla Earth, l’humanité observe le roi Ghidorah, vêtu d’une lumière dorée, descendre sur la planète. Le ciel et la terre tremblent encore une fois alors…

En cette belle journée d’été, Nazuna, discrète collégienne, décide de défier ses deux amis Norimichi et Yusuke lors d’une course de natation. Le vainqueur assistera à ses cotés au feu…

Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.